Ośrodek prowadzi badania na płaszczyźnie historycznej, teologiczno-pastoralnej, prawnej, psychologiczno-socjologicznej, a nawet literackiej. Służą temu kwerendy archiwalne dotyczące między innymi dziejów parafii polonijnych, czy też organizowane prawie corocznie międzynarodowe sympozja naukowe.

Sympozja naukowe poświęcone były działalności duchowieństwa w środowiskach polonijnych po II wojnie światowej (1975), głównym problemom działalności polonijnych placówek duszpasterskich (1976), wkładowi Polaków do kultury świata (1977), problematyce przywództwa grup etnicznych (1978), integracji polskiej grupy etnicznej ze społeczeństwami krajów osiedlenia (1979), roli Kościoła w organizowaniu i działalności szkolnictwa polonijnego po II wojnie światowej (1980), pontyfikatowi Jana Pawła II w życiu Polonii w świecie (1981), organizacjom polonijnym (1983), tożsamości etnicznej Polonii (1985), problemom rodziny polskiej na emigracji (1987), młodemu pokoleniu emigracyjno-polonijnemu (1988), wpływowi Jana Pawła II na emigrację i Polonię (1989).

Ta bogata tematyka sympozjalna ukazała się drukiem w odpowiednich rocznikach "Studiów Polonijnych". Spośród wymienionych jedynie dwa sympozja poświęcone papieżowi Janowi Pawłowi II ukazały się jako oddzielne książki: "Wybór i pontyfikat Jana Pawła II a Polonia w świecie", Poznań-Warszawa 1988 oraz "Papież Jan Paweł II a emigracja i Polonia 1978-1989", Lublin 1991. Od 1991 r. pokłosiem już wszystkich kolejnych sesji naukowych Instytutu są publikacje książkowe.

Instytut Polonijny KUL po 1989 r. rozpoczął szeroko zakrojone badania nad problematyką Polaków na Wschodzie. W 1990 r. zorganizowano międzynarodowe sympozjum, którego rezultatem jest pionierska praca "Polacy w Kościele katolickim w ZSRR" (Lublin 1991). Natomiast w 1993 r. staraniem Instytutu ukazała się drukiem praca zbiorowa "Odrodzenie Kościoła katolickiego w byłym ZSRR. Studia historyczno-demograficzne." Zarówno te dwie prace jak i niżej wymieniane ukazały się pod redakcją ks. Edwarda Walewandra.
Po opracowaniu ogólnej sytuacji Polaków na Wschodzie Instytut Polonijny organizował sympozja poświęcone Polakom w poszczególnych krajach dawnego ZSRR. W 1993 r. ukazało się pierwsze studium w serii szczegółowej - "Polacy na Łotwie". Później przyszło następne - "Polacy i Niemcy w Rosji. Zagadnienia wybrane" (Lublin 1993). Jednocześnie Instytut wydał już trzy tomy serii wspomnieniowej "Polacy w Rosji mówią o sobie" (Lublin 1993-1995).

Wśród szeregu innych publikacji Instytutu warto wymienić wspomnienia ks. Stanisława Bizunia "Historia krzyżem znaczona. Wspomnienia z życia Kościoła katolickiego na Ziemi Lwowskiej 1939-1945". Praca ta rozeszła się szybko w dwóch nakładach ( II wydanie Lublin 1994).
Międzynarodowe sympozjum (16-17 maja 1995) było poświęcone Polakom w Mołdawii. Jeszcze przed tą sesją ukazał się drukiem tom "Polacy w Mołdowie mówią o sobie". Podobnie jak w przypadku serii wydawniczej "Polacy w Rosji mówią o sobie", jest to zbiór wspomnień tych, którzy przeszli przez nieludzką ziemię na Wschodzie, a żyli lub nadal pozostają w Mołdowie. Natomiast materiały sympozjalne ukazały się już drukiem w pracy pt. "Polacy w Mołdawii" (Lublin 1995).
12-13 maja 1997 r. odbyło się międzynarodowe sympozjum poświęcone Polakom w Estonii. Materiały źródłowe "Polacy w Estonii mówią o sobie" ukazały się jeszcze przed sesją w 1996 r., natomiast jej pokłosiem jest książka Polacy w Estonii (Lublin 1997). W maju 1999 r. miało miejsce sympozjum n/t "Polacy w Armenii". Książka pod tym tytułem ukazuje się w połowie 2000r.

Zamiarem sympozjów, jak i całej serii poświęconej Polakom w poszczególnych krajach dawnego ZSRR, jest nie tylko opracowanie części historycznej, ale przede wszystkich aktualnej sytuacji Polaków na tych terenach. Zamiarem Instytutu jest opracowanie pewnego vademecum, ułatwiającego niesienie pomocy Polakom na Wschodzie i to zarówno przez czynniki państwowe jak i kościelne.

Instytut Polonijny publikuje rocznik naukowy "Studia Polonijne". Treścią rocznika są prace poszerzające wiedzę Polonii o sobie, dotyczące jej wzajemnej integracji jak i pogłębiające wiedzę Polaków w Kraju o życiu emigrantów. "Studia Polonijne" umacniają związki kulturalne i narodowe Kraju z emigrantami polskimi zagranicą, wskazują możliwości i potrzeby wzajemnej łączności i współdziałania. Służą też umacnianiu tradycji kultury polskiej i Polonii w świecie. Dotychczas ukazało się 20 tomów tego rocznika.
Instytut wydaje od 1993 r., we współpracy z Oddziałem Lubelskim "Wspólnoty Polskiej" i Towarzystwem Naukowym "Polska-Wschód" serię wydawniczą Biblioteka Polonii, która obejmuje głównie prace dotyczące życia religijnego Polaków i Polonii w świecie. Preferuje zwłaszcza prace dotyczące Polaków na Wschodzie, szczególnie na terenie byłego ZSRR. Posiada dwa działy: Seria A - Studia; Seria B - Materiały i dokumenty. Dotychczas ukazało się w sumie 30 tomów obu serii.

Nagroda Naukowa im. Ireny i Franciszka Skowyrów przyznawana jest od 1981 r. przez Instytut corocznie za wyróżniające się prace związane ze środowiskiem KUL z dziedziny historii najnowszej, problematyki religijnej i polonijnej, szczególnie za prace ukazujące wkład Kościoła i duchowieństwa w rozwój kultury narodowej oraz walk o wolność i niepodległość Polski, sprawiedliwość społeczną i prawa człowieka. Do 1997 r. nagrody przyznano 34 osobom. Pełną prezentację sylwetek laureatów oraz nagrodzonych prac przedstawia książka ks. E. Walewandra, "Nagroda polonijna im. Skowyrów" (Lublin 1997).

Powstające w Instytucie Polonijnym monografie na temat dziejów Polonii przybliżają coraz bardziej możliwość powstania syntezy obejmującej dzieje kościelne Polonii w poszczególnych krajach osiedlenia. Kilka lat zespół badawczy Instytutu pracował nad "Leksykonem geograficzno-historycznym parafii i kościołów polskich w Kanadzie" (Lublin, 1992, 1993). Dzieło to, wynik zespołowej pracy wszystkich pracowników Instytutu, zostało wydane w dwóch tomach dla upamiętnienia 500-lecia odkrycia Ameryki. Leksykon daje obraz wkładu Polaków nie tylko w życie kościelne Kanady, ale przede wszystkim całego społeczeństwa kanadyjskiego.
Ukazała się książka Jadwigi Plewko, "Duszpasterstwo Polonii w procesie jej integracji ze społeczeństwem Kanady" 1875-1988. Jest to praca źródłowa o profilu socjologiczno-historycznym, ukazująca w sposób ciekawy mechanizmy przemian zachodzących w różnych dziedzinach życia Polonii kanadyjskiej: społecznym, kulturowym, narodowym i religijnym.

Instytut Polonijny KUL podjął badania nad dziejami parafii polskich w Szwajcarii i USA. Stosowne kwerendy archiwalne przeprowadzone zostały w Polskiej Misji Katolickiej w Marly koło Fryburga i w Polskim Instytucie Naukowym w Filadelfii. Na początku 2000r. wychodzi praca "Ośrodki duszpasterstwa polskiego w Szwajcarii" (pod redakcją ks. J. Wołczańskiego).