Od początku działalności naukowej abpa S. Wielgusa ujawniło się podejście historyczno-filologiczne, czego owocem jest konsekwentna działalność na polu historii filozofii, głównie średniowiecznej, szczególnie w zakresie edytorstwa rękopisów średniowiecznych wymagającego usprawnień w zakresie paleografii. Bodaj najważniejsze są dokonania w zakresie edytorstwa rękopisów średniowiecznych. Wynika to już z przekonania o potrzebie podjęcia tego dzieła ze względu na wartość tych rękopisów dla kultury polskiej tak w aspekcie filozoficznej inspiracji tej kultury, jak i ze względu na ich poziom odpowiadający najwyższym standardom europejskiej kultury filozoficznej XV w., zwłaszcza że rękopisom tym wskutek upływu czasu, niekorzystnych warunków przechowania w przeszłości i obecnie (zanieczyszczenie środowiska naturalnego) zagraża zniszczenie. Nadto edycja tekstów rękopiśmiennych jest niezbędnym warunkiem zapoczątkowania rzetelnych i faktycznie dopiero wówczas sprawdzalnych studiów zawartej w nich problematyki filozoficznej, zwłaszcza filozoficznej, teologicznej, prawnej czy przyrodniczej.

Abp S. Wielgus - odwołując się do ustaleń prof. Stefana Swieżawskiego dotyczących statusu badań historycznofilozoficznych - upatruje przedmiot swych badań przede wszystkim na polu "historii literatury filozoficznej". Choć gotów jest przyznać, że stanowi ona tylko etap przygotowawczy do właściwej historii filozofii, gdyż wg S. Swieżawskiego, "najwłaściwszym przedmiotem" badań historii filozofii są "problemy filozoficzne", i to przede wszystkim "zagadnienia filozoficznie ważne", gdy tylko wtórnie "tezy, założenia i systemy" sformułowane przez poszczególnych filozofów, co można określić jako historię doktryn filozoficznych, to przecież za prof. Swieżawskim wskazuje na wagę tego wstępnego etapu badań historycznofilozoficznych, który uznał za pierwszy i, co ważniejsze, za "niezbędny" etap jej uprawiania. Nic dziwnego, że eksponuje wagę tego typu przedsięwzięć oraz formułuje wysokie wymagania względem zajmującego się nim badacza, gdyż "uczony podejmujący się krytycznego wydania filozoficznych źródeł musi być jednocześnie filologiem, historykiem i filozofem". Przywołując opinię S. Swieżawskiego, który stwierdzał, iż "bez tej gigantycznej wprost i fundamentalnej roboty filologicznej mowy być nie może o solidnej i w pełni naukowej pracy na terenie historiografii filozofii", opatruje ją charakterystyczną uwagą, iż jest to praca "w zasadzie mało efektowna i nie przynosząca wiele sławy wydawcy tekstu".

Formułując wymogi metodyczne w zakresie edycji tekstów filozoficznych abp S. Wielgus wskazuje następujące etapy tych badań: "Tekst taki, wydany zgodnie z kardynalną, obowiązującą w edytorstwie zasadą, ma być przede wszystkim wierny, tj. pokazany łącznie z wszelkimi niedoskonałościami, a nawet błędami , które wyszły spod pióra jego autora (ale nie skryby, który ten tekst przepisywał). Ma być następnie opatrzony odpowiednim komentarzem oraz aparatem historycznoliterackim. Ma zawierać wstęp edytorski, w którym znajdują się ustalenia i informacje dotyczące autorstwa, autentyczności, wiarygodności, czasu powstania, proweniencji i całej, często bardzo skomplikowanej historii wydawanego tekstu; a poza tym informacje na temat rodzaju literackiego owego tekstu, jego zależności od innych źródeł i związanej z tym oryginalności, a w końcu ustalenia dotyczące stopnia filozoficzności, jaką zawiera treść mieszczących się w owym tekście wypowiedzi". Nic więc dziwnego, że także zakres wymogów stawianych przed edytorem jest ogromny: "Historyk filozofii musi więc znać dobrze język, w jakim dane źródło zostało napisane; nauki pomocnicze historii, zwłaszcza paleografię i kodikologię - jeśli bada teksty średniowieczne; techniki i metody krytycznego wydawania i interpretowania tekstów; epokę, w której źródło powstało; problematykę, którą podejmuje; styl pisarstwa badanego autora; a także kontekst filozoficzny i klimat intelektualny środowiska, w którym i dla którego ten autor pisał. Historyk filozofii winien poza tym posiąść umiejętność rozróżniania między poglądami, które wyrażają zapatrywania filozoficzne badanego autora, a poglądami, które on tylko cytuje lub przytacza jako obiegowe wśród współczesnych mu uczonych i środowisk. Ogromne znaczenie ma poza tym, w wypadku historyka filozofii podejmującego się pracy edytorskiej, znajomość innych także, niż wydawane, pism badanego autora i zawartych w nich filozoficznych i niefilozoficznych poglądów oraz jak najlepsza znajomość jego osobowości, działalności na różnych płaszczyznach, posiadania bibliotek itd." .

Bp S. Wielgus początkowo koncentrował się na edycjach polskich tekstów średniowiecznych wydając Benedictus Hesse. Quaestiones super octo libros "Physicorum" Aristotelis (Wrocław 1984), czemu towarzyszyło problemowe opracowanie Benedykta Hessego "Quaestiones super octo libros "Physicorum" Aristotelis. Wstęp do krytycznej edycji (Lublin 1983). Z czasem przedstawił wyniki wieloletnich badań nad średniowieczną literaturą biblijną w Polsce, ukazując także swoistość metodyki dydaktyki i twórczości podejmowanej w tym okresie (Badania nad Biblią w starożytności i średniowieczu. Lublin 1990; Obca literatura biblijna w średniowiecznej Polsce. Lublin 1990; Średniowieczna literatura biblijna w języku polskim. Lublin 1991; Średniowieczna łacińskojęzyczna biblistyka polska. Lublin 1992). Towarzyszyła temu ogólniejsza refleksja nad średniowieczem tak polskim, jak i europejskim, ukazująca także wyznaniowe inspiracje filozofii średniowiecznej (Z badań nad średniowieczem. Lublin 1995; Z obszarów średniowiecznej myśli islamskiej, żydowskiej i chrześcijańskiej. Płock 2002), by ukazać największe bodaj osiągnięcie polskiej myśli filozoficzno prawnej tego okresu jakim była teoria tzw. prawa narodów, choć sformułowana w kontekście sporów polsko-krzyżackich to uprzedzająca przecież nowożytne osiągnięcia filozofii prawa naturalnego (Polska średniowieczna teoria "ius gentium". Lublin 1996; The medieval polish Doctrine of the Law of Nations. Ius gentium. Transl. J. Grondelski. Lublin 1998). Istotne znaczenie w zakresie ukazania wpływu poszczególnych dokonań europejskich na średniowieczną myśl polską ma praca Marsilius von Inghen. Werk und Wirkung. Akten des zweiten Intenationalen Marsiulius-von-Inghen-Kongresses (Lublin 1993), jako pokłosie Kongresu "Marsyliusz z Inghen i jego czasy" (KUL 1991). Podsumowaniem tych badań nad kulturą średniowieczną jest praca Zachodnia i polska nauka średniowieczna - encyklopedycznie (Płock 2005).

Działalności badawczej i dydaktycznej ks. abpa Wielgusa towarzyszyła jego aktywność administracyjna jako rektora KUL-u, czego pokłosiem są dwa tomy przemówień Bogu i Ojczyźnie. Uniwersyteckie przemówienia i listy (t. 1-2. Lublin 1996-1999), a obecnie dokonania jako biskupa płockiego (m.in. Dobra jest więcej. Płock 2001; Na Skale budujmy nasz świat. Płock 2002; Ducha nie gaście, proroctwa nie lekceważcie (1 Tes 5,19). Płock 2004; "Mocni w wierze przeciwstawiajcie się złu" (1 P 5,9). Płock 2005