Kiedy powstawał Katolicki Uniwersytet Lubelski warunki pozwoliły na uruchomienie czterech wydziałów: Teologicznego, Prawa Kanonicznego i Nauk Moralnych (w 1923 r. przyjął nazwę Prawa Kanonicznego), Prawa i Nauk Społeczno-Ekonomicznych oraz Nauk Humanistycznych.
W ciągu prawie 100-letniej historii struktura Uniwersytetu zmieniała się kilkakrotnie. Zmianie ulegały nazwy niektórych wydziałów, w wyniku rozdziałów kompetencji oraz w związku z rozszerzaniem działalności Uczelni powstawały nowe.
Obecnie Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II posiada 10 wydziałów: Teologii, Prawa, Prawa Kanonicznego i Administracji, Filozofii, Nauk Humanistycznych, Nauk Społecznych, Matematyczno-Przyrodniczy, a także dwa wydziały zamiejscowe Nauk o Społeczeństwie oraz Prawa i Nauk o Gospodarce w Stalowej Woli i Wydział Zamiejscowy Nauk Prawnych i Ekonomicznych w Tomaszowie Lubelskim. Na KUL działa również Kolegium Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Humanistycznych.
