Kiedy powstawał Katolicki Uniwersytet Lubelski warunki pozwoliły na uruchomienie czterech wydziałów: Teologicznego, Prawa Kanonicznego i Nauk Moralnych (w 1923 r. przyjął nazwę Prawa Kanonicznego), Prawa i Nauk Społeczno-Ekonomicznych oraz Nauk Humanistycznych.

W ciągu prawie 100-letniej historii struktura Uniwersytetu zmieniała się kilkakrotnie. Zmianie ulegały nazwy niektórych wydziałów, w wyniku rozdziałów kompetencji oraz w związku z rozszerzaniem działalności Uczelni powstawały nowe.

Obecnie Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II posiada 10 wydziałów: Teologii, Prawa, Prawa Kanonicznego i Administracji, Filozofii, Nauk Humanistycznych i Nauk Społecznych, a także Biotechnologii i Nauk o Środowisku oraz Matematyki, Informatyki  i Architektury Krajobrazu. Dwa ostatnie wydziały powstały w 2013 r. po podzieleniu Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Poza tym KUL posiada dwa wydziały zamiejscowe Nauk o Społeczeństwie oraz Prawa i Nauk o Gospodarce w Stalowej Woli i Wydział Zamiejscowy Nauk Prawnych i Ekonomicznych w Tomaszowie Lubelskim. Na KUL działa również Kolegium Międzyobszarowych Indywidualnych Studiów Humanistyczno-Społecznych.