Program "Mistrz" jest realizowany od 1998 r. i w każdym roku obejmuje inny obszar nauki - w roku 2006 są nim nauki humanistyczne i społeczne. Adresowany jest do aktywnie działających naukowo osób, których dotychczasowy dorobek stanowi rękojmię właściwego wykorzystania środków i które potrafią skutecznie łączyć pracę naukową z kształceniem młodej kadry. Kandydatów zgłasza powołana przez Fundację grupa kilkudziesięciu wybitnych uczonych, uznawanych za autorytety w danej dziedzinie. Na tej podstawie Fundacja tworzy listę zaproszonych do udziału w konkursie. Ci z zaproszonych uczonych, którzy chcą w nim uczestniczyć, przedstawiają informację o swoich zamierzeniach naukowych wraz z projektem wykorzystania subsydiów. Zarząd Fundacji wyłania laureatów posiłkując się opiniami recenzentów.