Organami Uniwersytetu są rektor i senat.

W skład senatu wchodzą:

1. rektor;
2. prorektorzy;
3. dziekani;
4. po jednym przedstawicielu każdej dyscypliny podlegającej ewaluacji jakości działalności naukowej, wybranym przez radę instytutu;
5. przedstawiciele studentów i doktorantów łącznie w liczbie 20% liczby członków senatu; przedstawiciel pracowników badawczych, badawczo-dydaktycznych i dydaktycznych nieposiadających tytułu naukowego profesora lub stopnia naukowego doktora habilitowanego;
6. przedstawiciel pracowników Uniwersytetu niebędących nauczycielami akademickimi.

• Przewodniczącym senatu jest rektor.
• Posiedzenia zwyczajne senatu zwołuje rektor przynajmniej raz na dwa miesiące, z wyjątkiem okresów wolnych od zajęć dydaktycznych. 
• Nadzwyczajne posiedzenia senatu zwołuje rektor z własnej inicjatywy lub na wniosek co najmniej jednej trzeciej członków w terminie siedmiu dni od dnia zgłoszenia wniosku. 
• Senat podejmuje uchwały na posiedzeniach w obecności co najmniej połowy statutowej liczby członków zwykłą większością głosów, z zastrzeżeniem odmiennych postanowień niniejszego statutu lub przepisów powszechnie obowiązujących.
• W posiedzeniach senatu uczestniczą z głosem doradczym osoby zaproszone przez rektora.
• Senat może powoływać komisje lub zespoły eksperckie do realizacji określonych zadań.

Do podstawowych zadań senatu należy:

1. uchwalanie i dokonywanie zmian statutu Uniwersytetu z zachowaniem odpowiednich przepisów kościelnych i państwowych;
2. uchwalanie regulaminu studiów, regulaminu szkoły doktorskiej, regulaminu studiów podyplomowych oraz zasad przyjęć na studia i do szkoły doktorskiej;
3. uchwalanie regulaminu wyborczego Uniwersytetu, o którym mowa w § 46;
4. uchwalanie strategii Uniwersytetu i zatwierdzanie sprawozdania rektora z jej realizacji;
5. wybór rektora;
6. ustalanie głównych kierunków działalności Uniwersytetu oraz przeprowadzanie oceny funkcjonowania Uniwersytetu;
7. formułowanie rekomendacji dla rektora oraz dziekanów wydziałów w zakresie wykonywanych przez nich zadań;
8. nadawanie tytułu doktora honoris causa, z uwzględnieniem kompetencji Wielkiego Kanclerza określonych w § 9 statutu; 
9. ustalanie warunków, trybu oraz terminu rozpoczęcia i zakończenia rekrutacji na studia i na kształcenie specjalistyczne;
10. ustalanie programów studiów, studiów podyplomowych i kształcenia specjalistycznego; uchwalanie regulaminu szkoły doktorskiej oraz ustalanie programów kształcenia w szkołach doktorskich;
11. określanie sposobu potwierdzania efektów uczenia się;
12. wskazywanie kandydatów do instytucji przedstawicielskich środowiska szkolnictwa wyższego i nauki;
13. wykonywanie innych zadań określonych w ustawach, innych aktach prawa powszechnie obowiązującego, niniejszym statucie oraz innych przepisach wewnętrznych obowiązujących na Uniwersytecie.

Do kompetencji senatu należy także:

1. uchwalanie planu rzeczowo-finansowego Uniwersytetu;
2. zatwierdzanie sprawozdania finansowego Uniwersytetu zgodnie z przepisami o rachunkowości;
3. uchwalanie szczegółowych zasad pobierania opłat za świadczone usługi edukacyjne oraz trybu i warunków zwalniania w całości lub w części z tych opłat; 
4. ustalanie zasad nabywania, zbywania i obciążania papierów wartościowych w zakresie nieuregulowanym w przepisach o finansach publicznych oraz o obrocie papierami wartościowymi;
5. określanie wytycznych dotyczących wykorzystania środków związanych z działalnością naukową; 
6. wyrażanie opinii społeczności akademickiej.

Na podstawie Statutu Uniwersytetu