Ks. Stanisław Janeczek podjął w 1969 r. studia na KUL w zakresie teologii zakończone magisterium w 1975 r. (Dialektyczna krytyka religii w ujęciu A. Nowickiego - promotor ks. prof. dr hab. E. Kopeć). W latach 1975-1988 łączył działalność duszpasterską z pracą naukową, m.in. w latach 1977-1980 studiując na KUL filozofię i przygotowując rozprawę doktorską Filozofia w szkolnictwie pijarskim. Z dziejów kultury filozoficznej w Polsce w XVIII wieku (promotor prof. dr hab. J. Czerkawski; recenzenci: ks. prof. dr hab. B. Dembowski, ks. prof. dr hab. S. Wielgus; w skróconej wersji doktorat ukazał się jako Oświecenie chrześcijańskie. Z dziejów polskiej kultury filozoficznej. Wydawnictwo KUL. Lublin 1994), którą obronił na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej KUL w roku 1988. W tym też roku został zatrud­niony w Międzywydziałowym Zakładzie Leksykograficznym KUL jako asystent, od 1993 r. jako adiunkt, a od 1990 także jako zastępca sekretarza naukowego tegoż Zakładu, w którym pracował do 1995 r. wydając interdyscyplinarną Encyklopedię Katolicką (T. 6. Towarzystwo Naukowe KUL. Lublin 1993), a następnie współpracując z nią jako redaktor działu filozoficznego (T. 7-11. Lublin. Towarzystwo Naukowe KUL. 1997-2006). W latach 1993-2006 pracował w Katedrze Historii Filozofii w Polsce na Wydziale Filozofii KUL jako adiunkt, krótko także jako starszy wykładowca. W międzyczasie opublikował Filozofia na KUL-u. Nurty - osoby - idee (Wydawnictwo KUL. Lublin 1998). Habilitował się 2004 r. na podstawie rozprawy Logika czy epistemologia? Historycznofilozoficzne uwarunkowania nowożytnej koncepcji logiki (recenzenci - prof. dr hab. J. Czerkawski, prof. dr hab. Cz. Głombik. prof. dr hab. W. Tyburski; Wydawnictwo KUL. Lublin 2003). Od 2006 r. jest zatrudniony na etacie profesora nadzwyczajnego KUL, a w roku 2011 otrzymał tytuł naukowy profesora nauk humanistycznych i został zatrudniony jako profesor zwyczajny. Nim został prodziekanem Wydziału Filozofii KUL (od roku akad. 2005/06), a następnie dziekanem (od roku akad. 2008/09) był koordynatorem studium filozofii na Słowacji dla studentów eksternistów Wydziału Filozofii KUL (1997-1999). Dla potrzeb tej dydaktyki opracował skrypt z zakresu historii filozofii nowożytnej i współczesnej Dejiny novovekej a súčasnej filozofie, wydany w Katolickim Uniwersytecie w Ružomberoku (2003). Z zakresu  badań nad kulturą filozoficzną w szkolnictwie europejskim opublikował studium Edukacja oświeceniowa a szkoła tradycyjna. Z dziejów kultury intelektualnej i filozoficznej (Wydawnictwo KUL. Lublin 2008) oraz zredagował m.in. Oblicza filozofii XVII wieku (Wydawnictwo KUL, Lublin 2008), Pisma założyciela KUL ks. Idziego B. Radziszewskiego (Wydawnictwo KUL, Lublin 2009) czy Światopoglądowe odniesienia filozofii polskiej (Wydawnictwo KUL, Lublin 2011). Redaguje serię wydawniczą "Dydaktyka filozofii", w ramach której opublikował tomy Antropologia (Wydawnictwo KUL, Lublin 2010) i Filozofia religii (Wydawnictwo KUL, Lublin 2012). W latach 2005-2008 był dyrektorem Instytutu Historii Kultury w Średniowieczu KUL. Od 2006 r. jest kierownikiem Katedry Historii Filozofii w Polsce w Instytucie Filozofii Teoretycznej, w latach 2008-2011 był jej kuratorem, gdy pełnił obowiązki kierownika Katedry Historii Kultury Intelektualnej w Instytucie Kulturoznawstwa.


Ks. Stanisław Janeczek jest dziekanem Wydziału Filozofii KUL, konsultorem Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski, przewodniczącym Sekcji Filozoficznej Wykładowców Filozofii Uczelni Katolickich w Polsce, konsultorem (wcześniej redaktorem) działu "Filozofia" w Encyklopedii Katolickiej (wydawana przez Towarzystwo Naukowe KUL) oraz przewodniczącym rady naukowej "Roczników Kulturoznawczych" (wydawanej przez TN KUL), a także członkiem rady naukowej serii wydawniczej "Acta Mediaevalia" (wydawane przez Instytut Historii Kultury w Średniowieczu KUL), "Rocznika Historii Filozofii Polskiej (wydawany przez Zakład Historii Filozofii Instytutu Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego), "Studia Philo­sophiae Christianae" (UKSW), "Studia Warmińskie", kwartalnika internetowego "Kultura i Wartości" (wydawany przez UMCS), „Scripta Philosophica. Zeszyty Naukowe Doktorantów Wydziału Filozofii KUL” i serii wydawniczej "Studia z filozofii polskiej"; przez szereg lat był członkiem rady redakcyjnej "Wieku Oświecenia (wydawany przez Instytut Literatury Uniwersytetu Warszawskiego). W latach 1997-1999 był także prezesem lubelskiego oddziału Towarzystwa Przyjaciół KUL. Jest członkiem zarządu Towarzystwa Naukowego KUL oraz członkiem-założycielem Polskiego Oddziału Międzynarodowego Towarzystwa Tomasza z Akwinu, a także czlonkiem Polskiego Towarzystwa Badań nad Wiekiem Osiemnastym i Polskiego Towarzystwa Filozoficznego oraz honorowym członkiem L'Association des Amis de la Philosophie Classique.