Instytut Historii powstał 1918 roku. W tym samym roku, w którym założono Katolicki Uniwersytet Lubelski. Wtedy Senat uczelni powołał Sekcję Historii na Wydziale Nauk Humanistycznych, którą w 1999 roku przekształcono w w Instytut Historii. W roku akademickim 2007/2008 Instytut przeniósł się na I piętro Collegium Norwidianum (zob. plan Collegium Norwidianum).

Oblicze Sekcji Historii, a potem Instytutu kształtowali jego profesorowie. Przed drugą wojną światową byli to uczeni tej miary, co Stanisław Smolka i Stanisław Ptaszycki. Po drugiej wojnie światowej zaś Aleksander Kossowski, Leon Białkowski, Andrzej Wojtkowski, Jerzy Kłoczowski, Marzena Pollakówna, Zygmunt Sułowski, Edward Zwolski.

Wiodącą problematyką badawczą podejmowaną przez pracowników IH KUL w latach po drugiej wojnie światowej była historia Kościoła rzymskokatolickiego i historia innych wyznań chrześcijańskich w Polsce (w dawnej Rzeczpospolitej). Prace badawcze skupiały i nadal skupiają się przede wszystkim na historii struktur terytorialnych Kościoła rzymskokatolickiego od średniowiecza po wiek XX. Obok studiów nad duchowieństwem diecezjalnym i zakonnym badaniami objęto także postawy i kulturę religijną (w wymiarze powszechnym jak też węższych kręgów społecznych).

Pod kierunkiem wykładających kiedyś w IH KUL Władysława Bartoszewskiego i Tomasza Strzembosza wykonano wiele wartościowych prac dotyczących najnowszej historii Polski, postaw i czynów patriotycznych obywateli polskich nie tylko w czasach drugiej wojny światowej, ale w czasach nam współczesnych.

Obecnie Instytut zatrudnia ponad trzydziestu pracowników. Zakres zainteresowań badawczych znacznie się powiększył w stosunku do czasów, kiedy istniała Sekcja Historii. Nadal są kontynuowane prace nad historią struktur terytorialnych i personalnych Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce. Jednak przybyły zupełnie nowe kierunki badań, a inne uległy znaczącemu rozbudowaniu. Prowadzone są prace nad historią kultury Bizancjum. W ramach studium historii starożytnej obok badań nad religią dawnych Greków rozwija się także studium religii Bliskiego Wschodu. Badania mediewistyczne obejmują szeroki krąg tematów: historię polityczną i militarną, historię religijności, historię gospodarczą, historię społeczno-religijną. Epoka nowożytna wzbogaciła się także o nowe kierunki badań. Bardzo dynamicznie rozwijają się studia nad Hiszpanią i światem hiszpańskojęzycznym. Znalazły kontynuację badania prowadzone kiedyś przez Ludomira Bieńkowskiego nad Kościołami Wschodnimi dawnej Rzeczpospolitej. Przedmiotem zainteresowania stała się także historia idei, kultura dworska. W dziedzinie historii porozbiorowej rozwinięto znacząco historię dyplomacji państw rozbiorowych (Rosja, Prusy, Cesarstwo, Austria), nadal są prowadzone prace nad zaangażowaniem duchowieństwa w sprawę narodową. Obok tradycyjnie prowadzonych badań nad rozwojem ruchów katolicko-społecznych włączono w obszar zainteresowań badawczych inne formacje polityczne. Badania nad wiekiem XX są bardzo różnorodne i obejmują zagadnienia od czasów pierwszej wojny światowej do końca PRL. Tematy wiodące to historia Kościoła, dzieje konspiracji w czasie drugiej wojny światowej, opór wobec komunizmu, polityka PRL wobec Kościoła rzymskokatolickiego.

Kierownicy/dyrektorzy Sekcji/Instytutu Historii:

• Kalikst Morawski [1950 - przewodniczył na zebraniach Grupy Historycznej/Zespołu Katedr Historycznych WNH]
• Leon Białkowski [1951 - przewodniczył na zebraniach Grupy Historycznej/Zespołu Katedr Historycznych WNH]
• Aleksander Kossowski [1951-1952 - przewodniczył na zebraniach Grupy Historycznej/Zespołu Katedr Historycznych WNH]
• Stanisław Łoś (1952-1953)
• Jerzy Kłoczowski [1953-1957]
• Zygmunt Sułowski [1958-1972]
• Stanisław Litak [1972-1973]
• Eugeniusz Wiśniowski [1973-1974]
• Wiesław Müller [1974-1976]
• Stanisław Litak [1977-1979]
• Wiesław Müller [1979-1980]
• Stanisław Litak [1980-1981],
• Zygmunt Sułowski [1982-1984]
• Wiesław Müller [1984-1986]
• Aleksandra Witkowska [1986-1989]
• Wiesław Müller [1989]
• Eugeniusz Wiśniowski [1990-1991]
• Jan Ziółek [1992-1994]
• Janusz Drob [1995-1999]
• Henryk Gapski [1999-2000]
• Jan Ziółek [2000-2005]
• Henryk Wąsowicz [2005-2008]
• Mirosław Filipowicz [2008-2012]
• Paweł Kras [2012-2013]
• Maciej Münnich [2013-2016]
• Tomasz Nowicki [od 2016]