Wydział Teologii KUL prowadzi stacjonarne studia doktoranckie w 16 specjalizacjach.
Studia trwają one 4 lata (8 semestrów).
Prowadzą je poszczególne instytuty, specjalizujące się w swoich dyscyplinach:

• Instytut Ekumeniczny w zakresie ekumenizmu,

• Instytut Historii Kościoła w dwóch specjalizacjach: historia Kościoła i patrologia,

• Instytut Muzykologii — tylko studia doktoranckie zaoczne w zakresie muzykologii,

• Instytut Nauk Biblijnych w zakresie biblistyki,

• Instytut Teologii Dogmatycznej w zakresie dogmatyki,

• Instytut Teologii Duchowości w zakresie duchowości,

• Instytut Teologii Fundamentalnej w dwóch specjalizacjach: teologia fundamentalna, religioznawstwo i misjologia,

• Instytut Teologii Moralnej w zakresie teologii moralnej,

• Instytut Teologii Pastoralnej i Katechetyki w następujących  specjalizacjach:
  teologia praktyczna, duszpasterstwo rodzin, edukacja medialna, katechetyka,

• Instytut Liturgiki i Homiletyki w zakresie liturgiki i homiletyki.